Jean-Michel Geneste a étudié la Préhistoire et la géologie du Quaternaire à l'université de Bordeaux (Talence, France) sous la direction de François Bordes. Il s'attache entre 1979 et 1992 à l’étude technologique et économique de la culture matérielle des chasseurs cueilleurs du Paléolithique. À ce titre, il dirige et publie des recherches sur des sites français et européens et enseigne à l’université Paris-Ouest - Nanterre-La Défense. En 1992, après avoir été nommé conservateur de la grotte de Lascaux, il se recentre sur la gestion et l’étude archéologique des grottes ornées et succède en 2001 à Jean Clottes pour la conduite des recherches à la grotte Chauvet-Pont d’Arc. C’est sous sa direction que paraît en 2005 La Grotte Chauvet à Vallon-Pont d’Arc : un bilan des recherches pluridisciplinaires dans la grotte Chauvet, Journées SPF, Lyon, 11-12 octobre 2003 (BSPF, 102, 1).

Conservateur général honoraire du Patrimoine au ministère de la Culture, il a dirigé le Centre national de préhistoire à Périgueux, coordonné un groupement de recherche international, le GDRI-Star, centré sur le développement des sciences et des techniques appliquées à l’étude et la conservation de l’art rupestre, ainsi que de nombreuses missions d’études et de fouilles de sites d’art rupestre en Australie, en Sibérie et en Colombie-Britannique. Il a largement contribué à la conception et à l’organisation du symposium international « Lascaux et la conservation du milieu souterrain » (26 et 27 février 2009).